Spitalet e manastireve qe sic u permend me siper sherbenin si qendra te kujdesit per te semuret dhe per ata qe po vdisnin si nje akt meshire, filluan gradualisht te mbeshteteshin nga qytetet , komunitetet dhe bile edhe spitalet e ndertuara ne baza shoqate filluan te lulezonin gjate shekujve 12-te dhe 16-te. Nga shekulli I 15-te Britania kishte 750 spitale. Nje lloj mbulimi me kujdes shendetsor u ofrahej anetareve te shoqates dhe familjeve te tyre. Spitalet punesonin doktore dhe te pasurit mund te vizitoheshin nga doktoret private. Ne vitet 1131 dhe 1215, ligjet e papatit I kufizuan kleriket te kryenin aktivitet mjekesor, duke nxitur ne kete menyre praktikat shekullare mjekesore. Ne 1224 perandori Frederik II I Sicilise publikoi dekrete qe rregullonin praktiken mjekesore, duke vendosur kerkesen per license; trajnim mjekesor (tre vite filozofi, pese vite mjekesi), nje vit praktike klinike e supervizuar dhe vetem pas kesaj kalimi ne provim dhe marrja e licenses. Urdheresa te ngjashme jane publikuara ne Spanje ne 1238 dhe ne Gjermani ne 1347.

Kryqezatat (1096-1270) ekspozuan Europen ndaj koncepteve mjekesore Arabe, si edhe ndaj lepres. Per tu sherbyer te plagosurve, kryqtareve dhe pelegrineve, u ndertuan spitale ne ishujt e Rodit te Maltes dhe ne Londer. Ne boten muslimane spitalet ekzistonin si psh ai Al mansour ne Kajro, per te gjithe te mbeshtetur nga qeveria. Kontaktet e shpeshta, luftrat, dhe bashkejetesa e kryqtareve me muslimanet bene te mundur futjen e kultures (dhe semundjeve) te arabeve dhe rishikimin e njohurive te lashta mbi mjekesine dhe higjenen. Lepra u be nje semundje e shperhapur ne Europe, sidomos midis te varferve, edhe me pare por problemi u theksua gjate dhe pas kryqezatave, duke arritur pikun ne shekujt e 13-te dhe 14-te. Izolimi ne leprozaria I te semureve ishte nje fenomen I zakonshem. Vetem ne France ne shekullin e 14-te kishte rreth 2000 leprozaria. Semundja gradualisht u zhduk, gjate, dhe ndoshta si pasoje e pestes bubonike, ne gjysmen e shekullit te 14-te.

 Nderkohe qe feudalizmi dhe bujkroberia po reduktoheshin ne Europe, qytetet po rriteshin se bashku me problemet e mbipopullimit dhe te mungeses se higjenes. Qyetet ishin formuar si entitete te veteqeverisuara, e siguruar kjo nga lejet mbreterore. Kisha nga ana e saj ofronte stabilitet ne shoqeri, por ajo njekohesisht reprimonte idete e reja. Inkuizicioni, I vendosur nga papa Gregori ne 1231, u intensifikua sidomos ne Spanje nga papa Sixtius, ne vitin 1478, me qellim zhdukjen e heretikeve, cifuteve dhe cdokujt qe mund te perbente nje rezik per dogmat papale.

Universitetet u themeluan ashtu si qytetet, me leje mbreterore, dhe ato te Parisit, Bolonjes, Padoves, Napolit, Oksfordit, Kambrixhit etj, hodhen bazat e te mesuarit jashte mbreterise se Kishes. Ne shekujt e 12-te dhe te 13-te pati nje shperthim krijimtarie ne Europe, me shpikje si busulla, ora mekanike, rrota e ujit, dhe tezgjahut. Eksplorimet intelektuale dhe gjeografike u filluan me udhetimet e Marko Polos, shkrimet e Tomas Akuinos, Roxher Bakonit dhe dante Aligerit. Tregetia dhe udhetimet filluan te lulezojne.

Ne universitetet mesjetare u themeluan shkolla mjekesore, si ne Salerno, Itali, ne shekullin e 10-te, dhe me pas ne universitetet ne te gjithe Europen gjate shekujve 12-te dhe 15-te; ne Paris ne 1110, Bolonja ne 1158, Oksford 1167, Montpelie 1181, Kambrixh 1209, Padova 1222, Tuluze 1233, Sevilje 1254, Prage 1348, Krakov 1364, Viene 1365, Heidelberg 1386, Glasgou 1451, Bazel 1460 dhe Kopenhagen 1478. Mjeket te rekrutuar nga klasat e mesme trajnoheshin ne menyre skolastike bazuar ne literaturen arabe dhe tekstet e lashta te romakeve dhe grekeve , kryesisht Aristotelin, Hipokratin, dhe Galenin,por dhe me disa tekste te tjera me moderne kryesisht te shkruara nga mjeke arabe dhe cifute.

Rritja e problemeve te agravuara te shendetit publik ne qytetet tregetare dhe industriale rishtas te ndertuar kerkonte gradualisht percaktimin e zgjidhjeve.

Mbipopullimi, ushqyerja e keqe dhe kushtet e keqija sanitare, mungesa e burimeve te perhershme te ujit dhe drenazhimit(kullimit), rruget e pashtruara, mbajtja e  kafsheve ne qytet, si dhe mungesa e kazaneve te mbeturinave krijoi kushtet per perhapjene e gjere te semundjeve infektive. Bashkite krijuan zona me uje te mbrojtura, (cisterna, puse dhe burime) si dhe shatervane publike nen rregullat dhe kontrollin e bashkive.Furnizimi me uje me sistemin e tubacioneve dhe cesmave u zhvillua ne Dublin, Bazel, dhe Belgjike ne shekullin XIII. Ndermjet shekullit XI dhe XV, ne Novgorod te Rusise perdoreshin tuba balte dhe druri per furnizimin me uje. Banjot publike ishin krijuar, por standartet Europiane te higjienes personale ishin te ulta ne pergjithesi ne te gjitha klasat sociale.

Kujdesi mjekesor ishte I orientuar gjeresisht ne zbutjen e simptomave. Medikamentet tradicionale (popullore) mbijetuan ne vecanerisht ne zonat rurale, por praktikat e perdorimit te tyre ndiqeshin nga kisha qe i konsideronte si magji. Specialistet siguronin sherbime vetem per ata qe ishin ne gjendje te paguanin, nderkohe qe njohurite mjekesore ishin nje perzjerje e pragmatizmit, misticizmit, dhe mungese te plote te njohurive shkencore.

Kushtet ishin te pershtatshme per epidemi te medha te varioles, koleres, fruthit dhe semundje te tjera epidemike te nxitura edhe nga lufta shketerrimtare e perhapur gjeresisht ne Europe. Vdekja e Zeze (pneumonia dhe pesta bubonike), ardhur nga stepat e Azise Qendrore ne Europe permes pushtimit Mongol, ishte transmetuar gjeresisht nepermjet rrugeve tregetare ne te gjithe  Europen permes detit dhe tokes.

Vdekja e Zeze u fut ne Kine me pushtimet Mongole, duke sjelle nje masaker te tmerrshme duke pergjysmuar popullsine e Kines ne vitet 1200 dhe 1400.

Ndermjet shekullit te XI dhe XIII, gjate pushtimeve Mongole-Tatare, shume epidemi gjeresisht te pernhapura, perfshire dhe murtaja, u regjistruan edhe ne Rus (sot Rusia). Murtaja udhetoi shume shpejt me ushtrite, karvanet e udhetareve, dhe me vone permes udhetimeve me anije pasi edhe tregetia boterore mori permasa te gjera midis shekujve XIV dhe XV. Murtaja demtoi pjesen me te madhe te Europes midis viteve 1346 dhe 1350, duke vrare 24-50 milion persona , ose afersisht 1/3 e popullsise, duke lene zona te tera te Europes te nenpopulluara. Megjithe perpjekjet lokale per te prevenuar semundjen permes karantines dhe izolimit te te semureve, semundja shkateroi te gjithe komunitetet.